Trong phiên tòa xử ngày 16-20 tháng 12 năm 2019, vào buổi sáng Nguyễn Bắc Son phản cung không nhận tội "nhận hối lộ". Đến khi tòa tiếp tục vào buổi chiêu, ông lại nhận tội, nhưng không hoàn trả số tiền 3 triệu USD đã nhận.[24] Viện kiểm sát đánh giá hành vi này là "chưa ăn năn hối lỗi" và đề nghị án tử hình cho Nguyễn Bắc Son.[25]

Sau khi nghe đề nghị án tử hình cho mình, Nguyễn Bắc Son đã xin lỗi Tổng bí thư Nguyễn Phú Trọng trước tòa và xin để gia đình nộp tiền để được sống.[26] Trong ngày 23.12, gia đình Nguyễn Bắc Son đã nộp tòa số tiền 21 tỷ đồng khắc phục hậu quả.[27] Đến ngày 27.12, gia đình Nguyễn Bắc Son đã nộp đủ 3 triệu USD (66 tỷ đồng) cho tòa án,[28] nên ngày hôm sau ông chỉ bị tuyên án tù chung thân về tội Vi phạm quy định về quản lý, sử dụng vốn đầu tư công gây hậu quả nghiêm trọng và tội Nhận hối lộ.[29]

Ngày 27 tháng 4 năm 2020,tại phiên phúc thẩm, Tòa án nhân dân tối cao Hà Nội vẫn tuyên y án chung thân đối với Nguyễn Bắc Son.

Đánh giá

Luật sư Lê Quốc Quân - một nhà bất đồng chính kiến với nhà nước Việt Nam cho rằng việc 2 bộ trưởng ăn hối lộ 3,2 triệu USD là cái tát vào Đảng Cộng sản Việt Nam. Ông nói thêm rằng tuy chiến dịch chống tham nhũng của Đảng Cộng sản đang gia tăng với các quan chức ngày càng cao cấp hơn bị truy tố, song nạn tham nhũng là do "cơ chế" sinh ra và không thể bị đẩy lùi.[30].

Trả lời RFA, Tiến sỹ Lê Minh Nguyên cho rằng "Nguyễn Bắc Son chưa chắc bị án tử hình, dù có bị án tử đi nữa thì cũng được Chủ tịch nước tha, vì nghề của họ là giơ cao đánh khẽ."[31]